科研相关软件及环境配置

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写代码

我使用Python、C/C++和少量Fortran编写跨平台的算法和应用程序，尤其是利用C/C++基于MPI和OpenMP的高性能计算，常用的软件/工具/网站/工具链列表如下：

• VSCode：阅读和编写几乎所有文本格式的代码和文件（如Markdown文档）

• CMake：构建C++和Fortran代码工程

• Git、Github、BitBucket和 SourceForge：用于代码及文档的版本控制

• PyCharm配合Anaconda Distribution： 编写兼容Python2.7和Python3的Python代码

• CLion配合MSYS2/MinGW-w64（Windows 10）或 GCC（Linux或macOS）进行C++和Fortran编程

• Visual Studio配置ReSharper和 Intel Parallel Studio XE进行C++和Fortran编程

安装Windows 10的笔记本电脑是我的主力机，我通常利用VS2015/VS2010开发程序，在MinGW-w64、Intel Parallel Studio XE和Xcode等 环境下进行代码兼容性测试，使用GCC或Intel C++编译器编译程序并在Linux集群上运行程序。

以下是构建多种编程环境的简要教程。

1. 在 Windows 10 下编程

   1. 使用Visual Studio编写C/C++程序

   2. 使用Visual Studio和Intel Parallel Studio XE编写C/C++和Fortran程序

   3. 使用CLion和MinGW-w64编写C/C++和Fortran程序

   4. 使用PyCharm和Anaconda编写Python程序

   5. 在MSYS2/MinGW和Windows环境下使用同一版本的Git

2. 在 macOS 下编程

   1. 使用Xcode和Clang编写C/C++程序

   2. 使用CLion和GCC编写C/C++和Fortran程序

3. 在 Linux (如 Ubuntu、CentOS和RedHat)下编程。由于我通常使用没有用户界面的Linux服务器，因此这里仅以库/软件/数据库等的配置教程。

   1. Linux下非root用户安装及配置MongoDB数据库

写作、阅读、排版等

• Microsoft Office 365 (Word、Excel、Powerpoint和OneNote)

• Microsoft Visio：绘制矢量示意图

• Markdown: Typera 和 VSCode

• PDF

  • 阅读: PDF-XChange Viewer

  • 编辑: Acrobat XI Pro 和 PDF24

• L^aT_eX 编译系统: MiKTeX, 编辑器: TeXStudio

GIS软件

• ArcGIS 10.6

• QGIS

• SAGA

• TauDEM

• SimDTA

文献管理

• Zotero配合坚果云构建跨平台文献数据库，包括插件 Better Bib(Lax)Tex、 ZotFile和 Zotero Connector (Chrome扩展程序)。 点击这里查看详细配置教程。

文件共享与同步

• FileZilla：内网FTP解决方案

• FreeFileSync：文件同步