利用Zotero配合坚果云构建跨平台文献数据库

1. 软件

• Zotero

  • Better Bib(Lax)Tex

  • ZotFile

  • Zotero Connector (Chrome 插件)

2. Zotero配合坚果云进行文献同步设置

• 坚果云中新建一个文件夹用于存放所有文献PDF及其他文件，文件夹名必须为 storage，如D:\我的坚果云\storage

• 建立文件夹软连接，从坚果云中storage指向Zotero用户路径下的storage，如C:\Users\ljzhu\Zotero\storage。 打开cmd.exe，输入以下命令即可创建文件夹软连接（具体文件夹路径请根据自己情况修改）。

rmdir C:\\Users\\ljzhu\\Zotero\\storage
mklink /d C:\\Users\\jzhu\\Zotero\\storage D:\\我的坚果云\\storage

屏幕显示：

C:\\WINDOWS\\system32>rmdir C:\\Users\\ljzhu\\Zotero\\storage
C:\\WINDOWS\\system32>mklink /d C:\\Users\\ljzhu\\Zotero\\storage D:\\我的坚果云\\storage
为 C:\\Users\\ljzhu\\Zotero\\storage <<===>> D:\\我的坚果云\\storage 创建的符号链接

• Zotero设置

  • 编辑 -> 首选项 -> 高级 -> 文件和文件夹，链接附件的根目录填写坚果云同步目录，如D:\我的坚果云\storage；数据存储位置填写Zotero的文件目录 （即为Zotero自己的同步目录，免费用户只有300M空间），如C:\Users\ljzhu\Zotero。

• Better BibTex设置

  • Citation keys: [auth:lower]_[journal][>0]_[year]|[auth:lower]_[Title:select,1,1]_[year]

• Zotfile设置（工具 -> ZotFile Preferences）

  • General settings, 上面填写Zotero自己的数据目录（即建立的软连接目录），如C:\Users\ljzhu\Zotero\storage； Location of Files中选择Custom Location，填写坚果云同步目录，D:\我的坚果云\storage

  • 勾选Use subfolder defined by，输入 \%w|%T|%a\%y

  • Renaming rules: {%a_}{%y_}{%t}

这样设置之后，storage文件夹的目录结构如下：

./storage
|__<Journal or Publisher>
    |___<Year>
       |__<author>_<year>_<title>.pdf

3. 优缺点

• 优点

  • 多个平台之间文献和PDF文件的同步更新

  • Zotero提供的全文搜索、全文下载等便利功能

  • 可以导出多个Bib(La)TeX格式的引文库，并实时更新

• 缺点

  • 使用Zotfile对文献进行重命名后，Zotero对PDF文件是文件链接的方式，因此，删除文献后，PDF文档并不会删除，需得同时手动删除

4. 文献管理经验

4.1. 文献搜集整理

• 文献通过Zotero Connector插件自动添加，可归于多个分类，如研究内容、文章等

• 添加原文并由Zotfile重命名后存入storage文件夹，由坚果云同步

• 添加多个Tags方便查找：

  • 文章类型 [原理、方法、应用]

  • 阅读状态 [DONE、TODO、DOING]

  • 借鉴意义 [重要、参考]

• 添加一条Notes，可通过PaperShip同步编辑，包括但不仅限于以下内容：

  • 文章亮点

  • 研究区简介

  • 方法步骤

  • 共享数据

  • …

• 设置相关文献 (Related)

4.2. 文档中插入文献

• Better BibTeX插件的自动导出功能可以方便地更新文献库，直接用于L^aT_eX

• 通过Zotero的Word插件插入文献，不会受其他人修改的影响

5. 一些改进

5.1. Python代码整理storage文件夹

为了方便清理Zotero产生的冗余文件夹，以便通过坚果云查找文件，我写了一个简单的Python脚本来删除这些文件夹：

./storage/5EML43II
  |__.zotero-ft-cache
  |__..zotero-ft-info

# -*- coding: utf-8 -*-
"""Tidy empty folders of storage of zotero
    @author   : Liangjun Zhu
"""
from __future__ import unicode_literals

import os
from shutil import rmtree

storage_dir = r'D:\我的坚果云\storage'
suffix = ['.pdf', '.doc', '.docx', '.xls', '.xlsx', '.ppt', '.pptx', '.tex', '.txt']
deldirs = list()
for root, dirs, files in os.walk(storage_dir):
    # Empty folder
    if not os.listdir(root):
        deldirs.append(root)
        continue
    # folder without valid files
    for i in files:
        for suf in suffix:
            if i.find(suf) < 0:
                continue
            else:
                break
        else:  # Can not find any useful documents.
            deldirs.append(root)

deldirs = list(set(deldirs))
if storage_dir in deldirs:
    deldirs.remove(storage_dir)
for deldir in deldirs:
    print('deleting %s...' % deldir)
    rmtree(deldir)

• 修改storage_dir路径(如r'D:\我的坚果云\storage’)为你自己的路径

• 保存文件为*.py，双击即可运行（前提是电脑上正确配置过python）

• 添加Windows计划任务，定期执行该脚本